L’Abbaye est fondée au 6ème siècle – vers 536 – par Gildas, moine venu d’Angleterre, probablement du Pays de Galles ou alors d’Irlande.Construite en bois sur les restes d’un oppidum romain, l’Abbaye devient vite célèbre et adopte la Règle de St Benoît en 818. Prospère du 6ème au début du 10ème siècle, où elle accueille alors quelques 150 personnes.
Au Xème siècle, elle est détruite lors des invasions normandes.
La communauté s’enfuit en emportant les reliques de son fondateur. Ces précieux trésors sont déposés à Bourg-Déols près de Châteauroux en Berry, où on entreprend de construire un monastère.
Abandonnée, l’Abbaye de Saint-Gildas tombe alors en ruines.
A la demande du Duc de Bretagne – Geoffroy 1er – un certain Félix – moine de l’Abbaye de St Benoît sur Loire – la reconstruit, en pierres cette fois.
Commencée en 1008, la reconstruction s’achève en 1032 par la consécration de l’église par Judicaël – évêque de Vannes et frère du Duc. Félix meurt le 4 mars 1038. « Plusieurs abbés lui succèdent dont un certain Robert est le prédécesseur d’Abélard et mourra vers 1130″.
Abélard – le célèbre philosophe et théologien du 12ème siècle – est élu abbé de Rhuys en 1125.
Alors que l’Abbaye, connaissait une période de décadence, il veut en restaurer les bâtiments et instaurer parmi les moines une forme de vie religieuse plus conforme à la règle de St Benoît. Les moines s’opposent à ces tentatives et Abélard doit fuir en 1132.
En 1506, l’Abbaye est mise en commende, système sous lequel les revenus d’un monastère sont attribués à un abbé laïc qui n’y séjourne que rarement et n’a généralement aucun souci de sa vie spirituelle. L’Abbaye tombe en décadence et les bâtiments se ruinent peu à peu. En 1668, un coup de foudre sur le clocher provoque l’effondrement de la nef de l’église Abbatiale.
À la fin du 17ème siècle, les moines de la Congrégation de St Maur viennent à St Gildas, restaurent le chœur roman de l’église et reconstruisent la nef, dans le style classique. Mais le pape Clément XIV retire au monastère son titre d’abbaye en 1773, et, en 1789, il n’y reste que 5 moines. St Gildas avait pourtant fondé 25 prieurés, tout au long de son histoire… À la Révolution, les moines sont chassés. L’ensemble du domaine – y compris l’église et les dépendances – est vendu comme biens nationaux.
Le 30 septembre 1796, Magloire-Laurent Bisson, grand négociant à Lorient, rachète l’ensemble du domaine, c’est-à-dire, église et dépendances.
Le 31 juillet 1803, Magloire-Laurent Bisson offre l’église abbatiale « à titre de pur don, aux habitants de la commune« . Après approbation préfectorale de la donation en date du 16 novembre 1803, l’acte est rédigé et signé le 7 janvier 1804.
En 1824, Mère Saint Louis, fondatrice des Sœurs de la Charité de Saint-Louis, rachète à Monsieur Bisson les bâtiments de l’Abbaye, celle-ci retrouve ainsi sa vocation religieuse.Les Sœurs y arrivent en mai 1825, ouvrent une école, puis un orphelinat, où les jeunes filles sont formées à la culture de la terre. Comme ces établissements sont gratuits, il leur faut trouver des ressources : en 1833, les Sœurs ouvrent la maison aux touristes qui y viennent pour les bains de mer. C’est là les débuts de la faveur dont St Gildas de Rhuys jouit auprès des vacanciers…
Vers 1960, les bâtiments scolaires tenus par les Sœurs, sont convertis en un établissement pour enfants porteurs de handicaps, établissement qui sera transféré à Vannes en 1993. Les bâtiments libérés sont alors rénovés et réinvestis pour agrandir le centre d’accueil et en faire un centre culturel et spirituel.En 2016, pour répondre aux besoins des groupes accueillis, un nouveau bâtiment voit le jour au cœur de l’Abbaye, l’Espace Louise Élisabeth. Celui-ci apporte encore plus de confort et permet de développer une offre culturelle.
